引起的猩猩流感是人类看到其经济效益后贪婪而不顾一切后果进行实验的下场，这是对人类的警醒，也是猩猩流感创建人猿星球的必备条件之一。没有它，就没有高智商猩猩，即使有，也不可能在冲满敌意的人类世界活下去。《猩球崛起3：终极一战》是一场视觉盛宴，同时更具召唤人性回暖的现实力量。
凯撒率领的猿族，被迫与上校领导的人类军队展开生死之战。在影片中猿族将面临前所未有的重创，由此激发了凯撒内心中黑暗的一面，心中燃起复仇的烈火。最终，凯撒与人类首领上校面对面进行了一场关乎猿族和人类命运的终极之战。
人类与猩族之间的和平已不复存在，跋扈的上校带领一群冷血残暴的武装军团全面进攻猩族，凯撒看到族人遭受难以想像的死亡打击，心中燃起复仇的烈火，带着众猩猩和诺瓦在森林雪地沙滩中搜索追***类。
故事发生在第二部《猩球崛起：黎明之战》的后两年。猿族和人类的战争已经持续了两年之久，凯撒一直生活在暴力与疯狂之中。他被科巴的死折磨着，同时也看够了猿族的同胞死于战争之中，他想要复仇。所以凯撒发起了一场“史诗远征”，以刺***类军队的领导者“上校”（伍迪·哈里森饰演），一场人猿之间的生死决战一触即发。
十五年前的一场科学实验出了错，一群拥有高度智慧的猩猩就此崛起，而人类因为一种称之为“猩流感”病毒近乎濒临绝种。正当人类因深陷流感而陷入即将灭亡的困境时，猩猩们则持续在旧金山北边的森林里安全地发展——但对于那些少数因对病毒免疫而侥幸存活下来的人类来说，或许死亡才是一种祝福。
在文明逐渐茁壮的黎明之际，猩猩在没有人类接触的环境中蓬勃发展，直到他们发现一群幸存的人类亟欲在此建立他们的新聚落。他们将这批人类视为入侵者，而入侵者与猩猩的共存是一场挣扎，摇摇欲坠的和平在柯巴报复前饲主的行动下，就此粉碎。猩猩们的领袖西泽试图重整秩序，但逐渐蔓延的野蛮战役已无退路。
处境艰困的入侵者疯狂地寻求协助，但事实上他们内心根本不确定是否仍有人类存活在这世上，能够响应他们的困境。北方八百英里处的刘易斯麦科德联合基地收到了他们的讯号，数百名军人在遭受病毒的末日攻击后在此避难，他们是由特种部队上校领导仅存的美国国军，而这强悍凶猛的一师响应了他们的请求，就此加入战局。战争爆发之后，西泽和猩猩族人们一同撤退回了森林，然而人类却不断逼迫，决心要一举消灭猩猩。两年来，传奇地西泽在森林深处基地指挥着猩猩一族的传言从未停止，然而军队却持续寻找西泽未果。
这场终极决战就此展开…
